L'obiettivo del supporto di refactoring consiste nel fornire all'utente un codice migliorato senza modificarne il comportamento. Quando si effettua il refactoring del codice, si intende eseguire una modifica del codice che interessi l'intero sistema senza influenzare la semantica del sistema stesso. JDT gestisce automaticamente le funzioni di refactoring.
Il workbench è in grado di fornire un'anteprima di tutti i risultati di un'azione di refactoring in attesa prima che l'utente scelga di applicarli definitivamente.
I comandi di refactoring sono disponibili dai menu di scelta rapida di visualizzazioni e editor.