Il PDE utilizza la struttura di progetto presente nella piattaforma. Quando si utilizza il PDE, il lavoro viene organizzato in progetti, cartelle e file. Il PDE assocerà una speciale natura PDE a tali progetti in modo da mantenerli separati da altri progetti non-PDE. Per una descrizione della funzione relativa alla natura del progetto della piattaforma, fare riferimento a Nature dei progetti.
La piattaforma si basa sul concetto di plug-in che hanno una struttura e una specifica chiaramente definite. Lo scopo del PDE è di assicurare che l'utente segua le regole durante la creazione di nuovi plug-in in modo che questi vengano correttamente incorporati dalla piattaforma.
Il PDE gestisce plug-in all'interno di progetti. Ciascun progetto rappresenta un plug-in e contiene cartelle e file che definiscono il plug-in e il modo in cui esso interagirà con la piattaforma. Tali plug-in saranno inseriti nell'area di lavoro dell'utente e visualizzati nel navigator delle risorse e in altre visualizzazioni di risorse dell'area di lavoro (ad esempio, i Pacchetti Java).
Uno dei concetti più importanti da comprendere nel PDE è il concetto delle istanze host e run-time della piattaforma. Quando si avvia la piattaforma, l'utente utilizza il workbench per operare sui progetti che definiscono i plug-in in creazione. L'istanza del workbench che si esegue mentre si sviluppa il plug-in mediante il PDE e altri strumenti è l'istanza host. Le funzioni disponibili in questa istanza provengono esclusivamente dai plug-in installati con la piattaforma dell'utente.
Una volta installati i plug-in, per poterli verificare è possibile avviare un'altra istanza della piattaforma, l'istanza run-time. Questa istanza conterrà gli stessi plug-in dell'istanza host, ma avrà anche i plug-in su cui l'utente lavorava nell'istanza host. Le utilità di avvio del PDE provvederanno a unire i propri plug-in con i plug-in dell'host e alla creazione dell'istanza run-time.
Poiché l'istanza della piattaforma run-time rappresenterà una raccolta di funzioni fornite da plug-in a partire da due diverse posizioni (l'area di lavoro corrente e l'installazione host originale), il PDE identifica questi plug-in come due diverse "specie."
I plug-in esterni e quelli dell'area di lavoro vengono trattati diversamente dal PDE a causa della rispettiva posizione. Ad esempio, l'apertura del manifest di un plug-in dell'area di lavoro provocherà l'avvio di un editor su tale file manifest nell'area di lavoro. La stessa operazione eseguita su un plug-in esterno provocherà l'avvio di un editor su un URL esterno che opera da riferimento del file manifest del plug-in nella posizione di installazione host.
Tali differenze sono evidenti agli utenti PDE ma è necessario comprenderle.