La stessa utilità di avvio del workbench run-time può essere utilizzata per la funzione di debug. Non esiste alcun supporto PDE speciale per il debug oltre al supporto per il debug standard Java.
Premere il pulsante Debug della barra degli strumenti anziché Esegui per eseguire il debug del proprio plug-in. È possibile inserire punti di interruzione nel codice Java per analizzarlo una volta che tali punti di interruzione vengono raggiunti.
Il PDE garantisce l'assenza di qualsiasi differenza tra plug-in esterni e plug-in dell'area di lavoro durante il debug. Sarà possibile passare da classe a classe senza accorgersi se si sta esaminando il codice sorgente di sola lettura collegato a librerie esterne oppure il codice sorgente modificabile presente nella propria area di lavoro. Per ulteriori informazioni sulla funzione di debug, fare riferimento al manuale JDT User Guide.