Para ver / configurar o classpath do tempo de construção de seu projeto, selecione o projeto, abra o menu pop-up, escolha Propriedades e vá para Caminho de Construção Java.
Por padrão, o classpath de tempo de execução dos projetos é o mesmo que o classpath do tempo de construção. É possível alterá-lo editando uma Configuração de Lançamento (Selecione Executar > Executar na barra de menus).
Por padrão, o construtor Java copia todos os recursos de seu projeto para a pasta de saída de construção (chamada normalmente de bin). Alguns recursos e tipos de recursos podem ser excluídos definindo-se sua preferência em Janela > Preferências > Compilador > Outro.
Os arquivos podem ser colocados no classpath sem que sejam colocados em uma pasta de origem:
Coloque-os em uma pasta de classe utilizando Caminho de Construção Java > Bibliotecas > Avançado nas Propriedades do projeto
Ou então, coloque-os em um JAR e inclua o JAR no classpath.