Il PDE utilizza la struttura di progetto presente nella piattaforma. Quando si utilizza PDE, è possibile organizzare il lavoro in progetti, cartelle e file. PDE esamina i progetti nell'area di lavoro ponendo speciale attenzione per quelli che dispongono di plug-in o di file del manifest di frammento come elementi secondari diretti. Se un progetto presenta un manifest di plug-in, PDE lo considera un progetto di plug-in. Inoltre, PDE provvederà ad associare una speciale natura a questi progetti per essere in grado di allegare generatori PDE speciali (Per una descrizione della semplicità della natura del progetto di piattaforma, consultare Project natures).
La piattaforma si basa sul concetto di plug-in che hanno una struttura e una specifica chiaramente definite. Lo scopo del PDE è di assicurare che l'utente segua le regole durante la creazione di nuovi plug-in in modo che questi vengano correttamente incorporati dalla piattaforma.
Il PDE gestisce plug-in all'interno di progetti. Ciascun progetto rappresenta un plug-in e contiene cartelle e file che definiscono il plug-in e il modo in cui esso interagirà con la piattaforma. Tali plug-in si troveranno nell'area di lavoro e verranno visualizzati nel navigator delle risorse e in altre visualizzazioni che mostrano le risorse dell'area di lavoro (Explorer pacchetti Java).
Uno dei concetti più importanti nell'ambito del PDE è rappresentato dalle istanze del workbench host e run-time. Quando viene avviato, il workbench sarà utilizzato per lavorare sui propri progetti che definiscono i plug-in in costruzione. L'istanza workbench che viene eseguita al momento dello sviluppo del plug-in mediante l'utilizzo di PDE e di altri strumenti è l'istanza host. Le funzioni disponibili in questa istanza proverranno esclusivamente dai plug-in installati nella propria applicazione.
Nel caso si desideri verificare il plug-in, è possibile avviare un'altra istanza del workbench, l'istanza run-time. Questa istanza conterrà gli stessi plug-in dell'istanza host, ma avrà anche i plug-in su cui l'utente lavorava nell'istanza host. L'utilità di avvio PDE provvederà a unire i plug-in dell'utente con i plug-in host e a creare l'istanza run-time.
Dal momento che l'istanza run-time rappresenterà un insieme di funzioni fornite mediante plug-in derivanti da posizioni differenti (l'area di lavoro corrente e l'installazione host originale), PDE riconosce tali plug-in come due "specie." differenti.
I plug-in esterni e quelli dell'area di lavoro vengono trattati diversamente dal PDE a causa della rispettiva posizione. Ad esempio, l'apertura del manifest di un plug-in dell'area di lavoro provocherà l'avvio di un editor su tale file manifest nell'area di lavoro. La stessa operazione eseguita su un plug-in esterno provocherà l'avvio di un editor su un URL esterno che opera da riferimento del file manifest del plug-in nella posizione di installazione host.
Tali differenze sono evidenti agli utenti PDE ma è necessario comprenderle.