Você pode renomear um projeto, e ter todas as referências alteradas utilizando o mecanismo de refatoração.
Para renomear um projeto:

Comunicado: Renomear um projeto faz com que ele seja reindexado. Isso pode consumir um período de tempo significativo para projetos muito grandes.
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Projetos CDT
Visualizações de Arquivos do Projeto
Trabalhando com Arquivos de Projeto C/C++